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Science:科學(xué)家成功構(gòu)建腫瘤浸潤T細胞的泛癌單細胞圖譜
[ 來源:轉(zhuǎn)載自網(wǎng)絡(luò)   發(fā)布日期:2021-12-29 09:54:07  責(zé)任編輯:  瀏覽次 ]

靶向腫瘤特異性T細胞的癌癥免疫療法已使許多癌癥患者受益,但是針對不同類型的癌癥的臨床療效差異很大。腫瘤浸潤T細胞經(jīng)常進入功能失調(diào)狀態(tài),這一現(xiàn)象被廣泛稱為T細胞衰竭(T cell exhaustion),而效應(yīng)T細胞的抗腫瘤功能受多種因素調(diào)節(jié),包括調(diào)節(jié)性T細胞(Treg細胞)的存在。T細胞的狀態(tài)和豐度在不同癌癥類型的腫瘤微環(huán)境(TME)中有所不同,這可能從根本上影響不同的臨床參數(shù),如對免疫療法的藥物反應(yīng)。

在一項新的研究中,為了建立一種高分辨率的泛癌T細胞圖譜,來自中國北京大學(xué)的研究人員對各種癌癥類型的患者的腫瘤、癌旁組織和血液樣本進行了單細胞RNA測序(scRNA-seq),并收集了其他已發(fā)表的scRNA-seq數(shù)據(jù)集。在校正了混雜因素和批次效應(yīng)后,對這些不同的數(shù)據(jù)進行了整合。該圖譜由21種癌癥類型的316名患者的scRNA-seq數(shù)據(jù)組成。將T細胞表面上的T細胞受體(TCR)序列與基因表達譜組合起來,以描述T細胞的擴增和動態(tài)。應(yīng)用各種計算方法來研究不同癌癥類型的T細胞的特征和豐度。相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在2021年12月17日的Science期刊上,論文標(biāo)題為“Pan-cancer single-cell landscape of tumor-infiltrating T cells”。

這些作者在癌癥患者中發(fā)現(xiàn)了多種潛在的腫瘤反應(yīng)性T細胞(pTRT)群體,在不同類型的癌癥的腫瘤微環(huán)境中,pTRT的狀態(tài)有很大的不同。對于CD8+T細胞而言,主要的pTRT是功能衰竭的T細胞,并表現(xiàn)出高度的異質(zhì)性。他們通過計算推斷出T細胞衰竭的兩條主要發(fā)展路徑,分別是通過效應(yīng)記憶T細胞和組織駐留記憶T細胞,而且這兩條路徑在不同的癌癥類型中都很普遍。他們還注意到末端衰竭的T細胞與自然殺傷(NK)樣T細胞、17型CD8+T細胞(Tc17細胞)細胞和CD8+Treg細胞等細胞之間的狀態(tài)轉(zhuǎn)換,但這類轉(zhuǎn)換往往發(fā)生在特定的癌癥類型中。

對于CD4+T細胞而言,TFH/TH1雙功能T細胞似乎起源于TFH細胞,也是值得注意的pTRT,并與腫瘤突變負荷相關(guān)聯(lián)。他們還發(fā)現(xiàn),pTRT的轉(zhuǎn)錄程序可以受到腫瘤微環(huán)境中TGF-β和干擾素的影響。T細胞狀態(tài)的豐度因癌癥類型的不同而有很大的差異;腫瘤浸潤T細胞的組成,癌癥患者可以被免疫分型為一組具有高頻率的終末衰竭CD8+T細胞和另一組具有高頻率的組織駐留記憶CD8+T細胞,并且免疫類型與臨床特征相關(guān),如患者的生存率和對免疫檢查點阻斷的反應(yīng)。

綜上所述,這些作者描繪了腫瘤微環(huán)境中T細胞異質(zhì)性和動態(tài)的泛癌景觀,并為未來與癌癥治療相關(guān)的時間或空間研究建立了一個基線參考。對不同癌癥類型的系統(tǒng)比較揭示了不同腫瘤微環(huán)境中T細胞狀態(tài)的共性和差異。他們對腫瘤浸潤T細胞的詳細特征、動態(tài)和調(diào)控的揭示將促進免疫療法的開發(fā),而且他們提出的免疫分型可以有助于靶向T細胞的治療和診斷策略。

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